Flyktningetjensten hovedoppgave er å koordinere bosetting, tilrettelegge for og veilede deltakere i forhold til integrering i samfunnet. Målet er å styrke deltagernes mulighet for arbeid, utdanning og samfunnsliv, samt deres økonomiske selvstendighet.
Flyktningtjenestens virksomhet reguleres i all hovedsak avintegreringsloven, samt eventuelle kommunale vedtekter som berører driften.
Pr. sept. 2021 bosetter ikke Storfjord kommune lenger flyktninger, men tjenesten kan gjenoppta sine oppgaver dersom det skulle endre seg.