Lyngenfjorden var foreslått verna for å bygge opp laksestammen i Skibotn - og Signaldalselva. Vern vil blant annet innebære at ingen nye oppdrettsanlegg får etablere seg i fjorden, og at eksisterende anlegg ikke får utvide.

De tre kommunene Storfjord, Kåfjord og Lyngen var skeptiske til konsekvensene av et slikt vern, og gjorde felles sak i sin høringsuttalelse til Direktoratet.

Storfjord kommune vedtok følgende høringsuttalelse:
Grunnlaget for bosettinga langs kysten har alltid vært basert på balansert bruk av naturressurser. Balansert bruk av naturressurser er etter Storfjord kommunes oppfatning det beste vern. Det bør tas en helhetlig evaluering av de allerede utpekte nasjonale laksefjorder om dette har hatt noen virkning for de verna områdene (konsekvensutredning). Før det iverksettes vernetiltak for de områder som nå er foreslått i 2. runde må denne evalueringa foretas.Kåfjord, Storfjord og Lyngen kommuner planlegger å ha interkommunalt samarbeid om en felles kystsoneplan av Lyngenfjorden. Dette er planlagt å ferdigstilles til 01.01.06.Storfjord kommune har tidligere vedtatt at vi ikke ønsker "rødfisk"anlegg innafor Falsnes.Storfjord kommune kan ikke på nåværende tidspunkt gå inn for verning av Lyngenfjorden til nasjonal laksefjord.